X起動時、xmodmamp でモディファイアの設定が効かない。

keysym の変更は効く。しかし、モディファイアの変更が効いていない。
xmodmap -pm や xev で確認してもやはり、モディファイアの変更が効いていない。

しかし、X起動後に端末内で

% xmodmap ~/.Xmodmap

とすれば、モディファイアの変更が有効になった。
モディファイアだけ効かないというのは謎。

ちなみに、環境は

また、 SandS が原因ではないのも確認済み。